Realizacija prekograničnog programa odvija se kroz Prekogranične strukture, u skladu sa Uredbom o realizaciji IPA III, koje su postavljene u svakoj zemlji.
Bosna i Hercegovina
- Direkcija za evropske integracije
- Savjet ministara
- Trg BiH 1
- 71000 Sarajevo
Crna Gora
- Ministarstvo za evropske poslove
- Stanka Dragojevića 2
- 81000 Podgorica
Operativne strukture su odgovorne za realizaciju programa u svojoj zemlji.